Come sono HIV e correlati?

Hi-C e le tecniche correlate sono un gruppo di metodi di cattura della conformazione cromosomica utilizzati per studiare l'organizzazione spaziale del genoma.

Queste tecniche misurano la frequenza delle interazioni fisiche tra diverse regioni del genoma, fornendo informazioni sulla struttura della cromatina di ordine superiore e sulle interazioni regolatorie a lungo raggio. Ecco alcune tecniche Hi-C comunemente usate e correlate:

1. Hi-C (cattura della conformazione della cromatina ad alto rendimento):

Questa è la tecnica Hi-C originale e più utilizzata. Implica la reticolazione di segmenti di cromatina interagenti, la frammentazione del DNA e quindi la legatura dei frammenti di DNA insieme. I frammenti legati vengono quindi sequenziati e i dati risultanti vengono utilizzati per generare una mappa di interazione a livello dell'intero genoma.

2. 5C (cattura della conformazione del cromosoma circolare):

Questa tecnica è simile all'Hi-C ma utilizza un metodo di preparazione della libreria diverso che si traduce in frammenti di DNA circolarizzati. La circolarizzazione consente un'acquisizione più efficiente delle interazioni a lungo raggio e può fornire dati a risoluzione più elevata in alcune regioni del genoma.

3. ChIA-PET (analisi dell'interazione della cromatina mediante sequenziamento di tag accoppiati):

Questa tecnica combina l'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) con Hi-C per identificare le interazioni a lungo raggio associate a proteine ​​specifiche o modifiche degli istoni. Può essere utilizzato per mappare le interazioni di specifici fattori di trascrizione o altre proteine ​​regolatrici con i loro geni bersaglio.

4. PLAC-seq (sequenziamento della cromatina assistito dalla legatura di prossimità):

Questa tecnica utilizza la legatura di prossimità per catturare frammenti di DNA interagenti prima del sequenziamento. Consente il rilevamento delle interazioni con una risoluzione più elevata rispetto ai tradizionali metodi Hi-C e può fornire informazioni sull'orientamento delle sequenze interagenti.

5. Cattura Hi-C:

Questa tecnica utilizza sonde di RNA biotinilato per arricchire le interazioni tra specifiche regioni genomiche di interesse. Progettando sonde che prendono di mira loci specifici, Capture Hi-C consente l'analisi mirata delle interazioni genomiche in modo specifico per regione.

Ognuna di queste tecniche fornisce preziose informazioni sull’organizzazione tridimensionale del genoma e ha contribuito alla nostra comprensione della regolazione genetica, della dinamica della cromatina e dell’architettura nucleare. La scelta della tecnica dipende spesso dalla specifica domanda di ricerca e dal livello desiderato di risoluzione e mappabilità.