Tipi AutoDock Atom

AutoDock è una piattaforma educativa che utilizza atomi conosciuti e un'interfaccia di rete in combinazione con applicazioni di incollaggio per predire il tasso di legame della maggior parte delle piccole molecole . Questo permette agli studenti di studiare praticamente molecola legante senza richiedere tempo laboratorio costoso e formazione . Elementi

AutoDock supporta gli elementi di base : H , C , N , O , F , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br e I. Questi sono stati parametrizzata all'interno del programma in modo che riconosca le loro caratteristiche fisiche , attributi e reazioni ad altri elementi . Questi elementi di base possono essere utilizzati per formare una molecola e testati con un'applicazione vincolante o solvente . Per esempio , uno studente potrebbe indicare due molecole di idrogeno ad una molecola di ossigeno , H2O e sarebbe in grado di testare questa molecola d'acqua contro il suo tasso vincolante.
Legatura

AutoDock supporta una varietà di associazione o di aggancio sostanze chimiche e gli elementi , il nome e l'etichetta o l'elemento di aggancio devono essere digitati nell'interfaccia utente per individuare e selezionare l'elemento corretto . AutoDock fornisce un sistema di strumenti progettati per aiutare a vista , monitorare e accelerare il processo di incollaggio . Questi includono cristallografia a raggi X , basata sulla struttura drug design , ottimizzazione di piombo , virtual screening ( HTS ) , la progettazione biblioteca combinatoria , proteina-proteina di ancoraggio e studi meccanismo chimico . Questo permette uno studente di lavorare con gli elementi e di legame li sotto una varietà di condizioni in modo che i migliori e più accurati i risultati dei test possono essere raggiunti .
Griglia Mappa

griglia di AutoDock o Grid Mappa viene utilizzato per associare e elementi di corrispondenza con leganti , per farlo , lo studente dovrà inserire il nome chimico dell'elemento in formato singola lettera posizionarla sulla griglia . Elementi sulla griglia sono già stati studiati e testati e loro perimetri sono già stati definiti . Questo permette uno studente di selezionare semplicemente un atomo e legante senza dover inserire i dettagli . Il AutoDock griglia Map permette quindi uno studente di conoscere le proprietà e perimetri dell'atomo durante il test il suo tasso vincolante.
Aggiunta di elementi

Qualora lo studente avere un elemento che non è stato ancora inserito nel sistema di AutoDock , possono entrare usando il file perimetro preesistente di AutoDock con le informazioni dettagliate esatte circa l' atomo in questione . Questo dovrebbe poi essere caricato AutoDock e calibrato , ri- calibrato per la precisione , prima di essere testati. Tuttavia , va notato che l'aggiunta di un elemento richiede una conoscenza approfondita di come l'elemento sarà agire e reagire durante il processo di incollaggio , nonché con altri atomi .