Come convertire sequenza di Fasta

Un obiettivo comune nella ricerca medica comporta l'identificazione di errori , o mutazioni , nella sequenza di DNA che potrebbe causare malattie correlate genetica. La tecnologia e l'informatica hanno avanzato la ricerca genetica ad un livello in cui migliaia di dati di sequenza possono essere analizzati contemporaneamente . Una stipulazione di nuovi software antecedente la conversione dei dati di sequenza in formato FASTA . FASTA è simile a semplice formato testo . Esso consente a più pezzi di dati da elaborare in un unico file e accelera l'analisi . Tuttavia , la maggior parte degli strumenti generano file di sequenze in formato testo . Conversione del testo in formato FASTA è un processo semplice utilizzando il software editor di testo. Cose che ti serviranno
Computer
programma di editor di testo

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Aprire il DNA file di testo in sequenza designato utilizzando il programma di modifica del testo . Questo sarebbe Editor di testo per Macintosh e Appunti per i sistemi Windows compatibili . File di testo sequenza originale potrebbe avere un'estensione alternativa come ss per dati generati in un Applied Biosystems analizzatore genetico automatizzato .
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Iniziare la prima linea digitando> seguito da un identificatore di sequenza . Il simbolo di maggiore indica formato FASTA per i programmi che analizzano i dati FASTA . Non esistono norme specifiche riguardanti l'identificatore finché ci sono spazi . Un esempio di una voce accettabile per la prima linea è> Cat_Isomerase_Exon3 .
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Premere il tasto " Return" per creare un'interruzione di riga e iniziare la seconda linea .

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Begin dati di sequenza sulla linea due . Linee guida in formato FASTA richiedono dati di testo DNA seguenti Unione internazionale di chimica pura e applicata , IUPAC , codici . Ogni linea è limitata a 80 caratteri che rappresentano 80 basi del DNA e può essere maiuscolo o minuscolo . Una voce accettabile comprese le basi miste è AGCTTCGTGG ... CVTGCGTTGT .
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Premere il tasto " Return" per iniziare la riga successiva di dati di sequenza . Ogni riga deve essere costituito da 80 basi rappresentate dal codice IUPAC .
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Salvare il file utilizzando l'estensione di file txt o opportuno estensione del file FASTA . I programmi che elaborano dati FASTA formattati spesso richiedono un FASTA un'estensione specifica quali FSA , Fna , ffn o FRN .