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I vantaggi di utilizzare gel elettroforesielettroforesi su gel è un processo a ceppi distinti di DNA premendo attraverso un gel collocato in una tabella riscaldato (e coperte). Porosità del gel provoca frammenti più grandi per separare prima mentre frammenti più piccoli continuano attraverso il gel. Dal suo primo impiego sperimentale nel 1930, elettroforesi su gel è stato perfezionato con l'uso di diversi tipi di gel. Cominciando con saccarosio e poi gel di amido, la separazione del DNA in elettroforesi notevolmente aumentato con l'uso moderno di agarosio e acrylaminde gel. Con lo sviluppo di elettroforesi capillare, vantaggi e svantaggi sono diventati chiaro per entrambi i metodi. Agarosio gel Gel di agarosio è facilmente versata per l'utilizzo e gli esempi possono essere facilmente recuperati. Il gel è anche altamente modificabile per aumentare la separazione tra molecole di DNA grandi e piccoli. Dal momento che si è fatto da uno zucchero presente in alghe, agarosio è più economico di alternative e un prodotto gel più sicuro per l'uso in elettroforesi. Come agarosio, acrilamide è facile da modificare. Con una capacità di carico superiore, si può eseguire più campioni alla stessa. È principale vantaggio rispetto agarosio è che acrilamide ha pori più piccoli, rendendolo più adatto per separare molecole di DNA più piccole che agarosio gel non sarebbe in grado di separare. Tuttavia, spumeggiante è un problema maggiore per l'acrilamide, e, dal momento che l'acrilamide è una neurotossina, può essere molto pericoloso per lavorare. perché il calore si disperde rapidamente nel polimero, elettroforesi capillare richiede meno tempo di gel; minuti rispetto alle ore. Pure, poiché i risultati sono monitorati elettronicamente l'intero processo può essere automatizzato. Tuttavia, elettroforesi capillare non può essere eseguito come molti campioni contemporaneamente come gel, e le macchine (al prezzo di più di $ 100.000 per unità) e reagenti di costo sostanzialmente più rispetto al metodo gel di separazione, così maggior parte dei laboratori non hanno accesso al tecnologia.
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